În prima sa domnie, 1574 – 1579, domnul Moldovei Petru Șchiopul, construiește o biserică la poalele dealului Galata, cunoscută ca „Galata din vale”, „Galata de jos” sau „Galata de sub deal”. Această biserică a căzut la terminarea zugrăvirii ei din cauza unei alunecări de teren. A rămas de la biserica „din vale” clopotul care poartă inscripția „7087 (1579) luna lui martie 25”. Acesta are o formă frumoasă și este decorat în trei registre, al treilea având un desen cu capete de bour.
Clopotul se păstrează și azi în curtea actualei mânăstiri „Galata din deal”. „Galata din deal” a fost construită tot de Petru Șchiopul în a doua domnie în 1582, după lupta de la Bogdănești. S-a terminat și sfințit în anul 1584. Ctitoria a fost construită ca o cetate, fiind înconjurată de un zid puternic de piatră, care împreună cu turnul clopotniță, prin poziția sa strategică a asigurat un loc de refugiu pentru domn și familia sa. Pentru aceasta a construit și Casa Domnească. Totodată a fost construit corpul de chilii pentru adăpostirea călugarilor, stareția ca locuință pentru stareț, trapeza, bucătăria, arhondaricul pentru cazarea oaspeților. Încă de la început Petru Șchiopul a dăruit mânăstirii valoroase odoare, obiecte de cult, veșminte și a înzestrat-o cu sate și domenii.
Primul egumen al mânăstirii a fost Anastasie, care apare iî hrisovul din 28 ianuarie 1588, prin care domnul Moldovei dă slobozenie mânăstirii Galata ca satul Vorovești să plătească 50 de aspri mânăstirii, scutind-o în schimb să mai lucreze pentru domnie. Se pare că Anastasie a participat la cununia, săvârșită în taină, a lui Petru Șchiopul, cu Irina Botezat, mama fiului său Ștefan, la 17 ianuarie 1591. Mai apare în documentele vremii egumenul Paisie, care după moartea lui Teofan, patriarhul Ierusalimului, a fost ales ca patriarh în locul acestuia.
Ceremonia sfințirii lui s-a facut la 25 martie 1645 la mânăstirea Trei Ierarhi. Un alt egumen care s-a remarcat a fost Nectarie, care pe la 1735 s-a străduit să strângă bani din milă, pentru refacerea zidurilor înconjurătoare.
Printre călugării renumiți ai Galatei a fost și Gherasim, croitor de veșminte preoțești, odăjdii și pictor de icoane.
Locuința domnească unde domnul iși petrecea timpul liber sau în care se adăpostea familia domnească în timpul epidemiilor, al războaielor și răscoalelor, a fost mărită probabil în anii 1728 și 1733 de către Grigore al II-lea Matei Ghica. După 1735 au fost refăcute și zidurile din incintă, astăzi fiind fără turnurile de apărare. Incendiul din 19 octombrie 1762 a distrus iconostasul, mobilierul și obiectele de cult. Acestea au fost refăcute, iar domnitorul Grigore Caliman a dotat biserica cu cărți, veșminte și obiecte de cult care au dispărut cu timpul.
La 23 iulie 1765, domnitorul Grigore Alexandru Ghica a poruncit egumenului Galatei să dărâme din temelie vechile case domnești aflate în stadiu avansat de degradare. În 1799 domnitorul Constantin Ipsilanti a construit la Galata curți cu două rânduri de case și palatul care servea ca loc de petrecere a verii pentru domnitor și boierii săi. Și ca să scurteze drumul spre palat a construit un pod de lemn peste Bahlui. Incendiul din anul 1814 a distrus iarași casele domnești, până în anul 1874 rămânând numai bucăți de zidarie. Palatul a fost refăcut de Ruxandra, sora lui Mihail Sturdza, adăugând și mai multe case mici, dar frumoase, în care a locuit până la sfârșitul vieții.
În timpul revoluției de la 1821, generalul Alexandru Ipsilanti, conducătorul Eteriei, a avut o vreme cartierul general în mânăstirea Galata.
O dată cu decăderea mânăstirii, palatul și clădirile ei, au fost folosite ca închisoare militară până în anul 1923. Decăderea, atât materială cât și a vieții călugărești, a început după anul 1618, când Radu Mihnea a închinat-o Sfântului Mormânt de la Ierusalim, egumenii și călugării fiind după această dată grecii, care la plecare cu luat cu ei manuscrise și odoare aducând-o în stare de sărăcie. Pentru slujirea în mânăstire și ținerea legăturii cu populația satelor, călugărul Macarie, cu prilejul unui sfat ținut în mânăstire, a propus episcopului ca singurul moldovean din mânăstire, dascălul Dimitrache, să fie hirotonit preot, cunoscând perfect slujbele bisericești.
El a slujit împreună cu fiul său, până în 1800, când a decedat la vârsta de 80 ani. Toți preoții au aparținut aceleași familii (din tată în fiu), până în 1864, când Popa Gheorghe neavând un fiu, l-a lăsat urmaș pe ginerele lui, Popa Costache, care moare în 1893, la vârsta de 63 ani. A urmat părintele Constantin Găucă, acesta remarcându-se prin deosebita erudiție și grija pentru buna păstrare a mânăstirii și patrimoniului ei.